El 27 de mayo de 2015 se publicó en el Diario Oficial de la Federación el decreto por el que se reforman, adicionan y derogan diversas disposiciones de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, en materia de combate a la corrupción.

En dicha reforma constitucional, se establece la creación del Sistema Nacional Anticorrupción (SNA), como la instancia de coordinación entre las autoridades de todos los órdenes de gobierno competentes en la prevención, detección y sanción de responsabilidades administrativas y hechos de corrupción, así como en la fiscalización y control de recursos públicos.

La mencionada enmienda constitucional dio origen a modificaciones de diversos ordenamientos jurídicos entre los que se encuentran la Ley Orgánica del Tribunal Federal de Justicia Administrativa, la Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República, la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal en Materia de Control Interno del Ejecutivo Federal y el Código Penal Federal; asimismo, se expidieron la Ley General de Responsabilidades Administrativas, la Ley de Fiscalización y Rendición de Cuentas de la Federación y la Ley General del Sistema Nacional Anticorrupción, todas publicadas en el aludido medio de difusión oficial el 18 de julio de 2016.

En el ámbito local, el 06 de septiembre de 2016 se publicó en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Guanajuato, número 143, quinta parte, el decreto mediante el cual se reformaron y adicionan diversas disposiciones de la Constitución Política para el Estado de Guanajuato, con el cual se creó el Sistema Estatal Anticorrupción y se modificó el esquema de responsabilidades de servidores públicos y particulares, ajustándose de esa manera al mandato constitucional federal.

Asimismo, en el periódico número 78, segunda parte, del medio de difusión oficial estatal de fecha 16 de mayo de 2017 se publicó el decreto por cual se reforman y adicionan diversas disposiciones de la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo para el Estado de Guanajuato y se expide la Ley del Sistema Estatal Anticorrupción de Guanajuato.

El 1º de enero de 2018, con la provisión de los recursos humanos, financieros y materiales, en cumplimiento a lo estipulado en el último párrafo del artículo segundo transitorio de la Ley del Sistema Estatal Anticorrupción de Guanajuato, entró formalmente en operación la Secretaría Ejecutiva.