El Estatuto Orgánico de la Secretaría Ejecutiva prevé su estructura de la siguiente manera:

1. Secretario Técnico;
2. Direcciones:
   1. De Vinculación, Riesgos y Políticas Públicas;
   2. De Gestión e Innovación Tecnológica;
3.  Coordinaciones:
   1. Administrativa;
   2. Asuntos Jurídicos;
   3. Planeación Institucional;
   4. Análisis y Seguimiento a Recomendaciones No Vinculantes;
   5. Archivo Institucional;
4. Unidad de Transparencia;
   1. Órgano Interno de Control; y

Las demás unidades administrativas que requiera para el cumplimiento de su objeto y que permita el presupuesto de la Secretaría Ejecutiva.