El Secretario Técnico es la persona que se encarga de llevar la dirección de la Secretaría Ejecutiva, asimismo actúa como Secretario del Comité Coordinador y del Órgano de Gobierno, ejecuta y da seguimiento de los acuerdos y resoluciones de estos últimos, sus facultades se encuentran contenidas en el artículo 40 de la Ley del Sistema Estatal Anticorrupción de Guanajuato, de ellas destacan la siguientes:

• Formular el anteproyecto de su presupuesto de egresos.
• Proponer al Órgano de Gobierno el nombramiento o la remoción de los servidores públicos de la Secretaría.
• Realizar estudios especializados en materias relacionadas con la prevención, detección y disuasión de hechos de corrupción y de faltas administrativas, fiscalización y control de recursos públicos por acuerdo del Comité Coordinador.
• Proveer a la Comisión Ejecutiva los insumos necesarios para la elaboración de propuestas.
• Administrar las plataformas digitales que establecerá el Comité Coordinador, en términos de esta Ley y asegurar el acceso a las mismas de los miembros del Comité Coordinador y la Comisión Ejecutiva.