El Secretario Técnico es la persona que se encarga de llevar la dirección de la Secretaría Ejecutiva, asimismo actúa como Secretario del Comité Coordinador y del Órgano de Gobierno, ejecuta y da seguimiento de los acuerdos y resoluciones de estos últimos, sus facultades se encuentran contenidas en el artículo 40 de la Ley del Sistema Estatal Anticorrupción de Guanajuato, de ellas destacan la siguientes: